De 19e Juli 1825 schreef de resident van Soerakarta Mac Gillavry aan Smissaert, dat Dipo Negoro aan twee van zijn ondergeschikte hoofden reeds geruime tijd "vier poewassa's", hun pachtgelden had geschonken, onder voorwaarde, dat zij daarvoor wapens zouden kopen om er zijn aanhangers mee te bewapenen. Welke inzichten of plannen Dipo Negoro met deze "kramanspartij" had, kon Mac Gillavry niet opgeven. Hij gaf in elk geval Smissaert kennis van het gerucht. "Teneinde met omzichtigheid een waakzaam oog op denzelven te kunnen houden". Intussen zou hij nadere renseignementen inwinnen.
Het eerste bericht omtrent Dipo Negoro's plannen ontving Resident Smissaert van Djokjakarta van zijn ambtgenoot te Soerakarta. De 19e Juli 1825 schreef de resident van Soerakarta Mac Gillavry aan Smissaert, dat Dipo Negoro aan twee van zijn ondergeschikte hoofden reeds geruime tijd "vier poewassa's", hun pachtgelden had geschonken, onder voorwaarde, dat zij daarvoor wapens zouden kopen om er zijn aanhangers mee te bewapenen.
Kort daarna ontving eindelijk ook Smissaert stellige berichten dat Dipo Negoro een legertje aan het formeren was. Toen zonden de Resident en de Rijksbestuurder onmiddellijk de Pangéran Mangkoe Boemi naar Tegal Redjo met het bevel aan Dipo Negoro om aan de resident rekening en verantwoording te komen afleggen voor zijn gedrag. Hij kwam terug met de boodschap dat Dipo Negoro bang was om gevangen genomen te worden en daarom weigerde te verschijnen. Mangkoe Boemi werd weer naar Tegal Redjo gezonden met de boodschap dat Dipo Negoro nu onmiddellijk diende te komen en mocht hem dat niet gelukken, dan zou hij, Mangkoe Boemi, daarvan zelf de gevolgen ondervinden. Natuurlijk kwam laatstgenoemde niet meer terug en sloot zich bij Dipo Negoro aan. Nu werden troepen van de sultan en van de Pangéran Pakoe Alam en een detachement Nederlandse militairen, 50 man sterk, met twee stukken geschut naar Tegal Redjo gezonden. De secretaris Chevallier had zich hier ook bij aangesloten. Op de plaats van bestemming aangekomen ging laatstgenoemde met een klein escorte vooruit en maande een aanzienlijke massa oproerige lieden aan om zich te onderwerpen en uiteen te gaan. Deze boodschap werd beantwoord met geweervuur en het werpen van stenen. Met enkele goed gerichte kanonschoten en een charge van de cavalerie werd de menigte die op ongeveer 1500 man geschat werd, uiteengedreven, waarvan twintig tot vijf en twintig man werden gedood. Aan de andere zijde sneuvelden een wachtmeester van de huzaren en een trompetter, terwijl er twee huzaren zwaar gewond werden.

Sentot, opperbevelhebber der rebellen
Dipo Negoro en Mangkoe Boemi konden ontkomen. Hiermee begon een oorlog die vijf jaar heel Midden-Java op gruwelijke wijze heeft geteisterd. Hij kreeg al gauw een bijzonder gevaarlijk karakter omdat de fanatieke Mohammedaanse priester Kiahi Modjo de heilige oorlog tegen de Christenhonden had geproclameerd. Bovendien beschikten de opstandelingen, die intussen een uitgebreide guerilla waren begonnen, over de zeer kundige aanvoerder Prawirdirdja, beter bekend als Sentot. Al snel waren grote delen van Midden- en Oost-Java in hun macht en werden zelfs grote steden als Semarang en Soerabaja bedreigd.
Alleen in de residentie Soerakarta bleef het rustig. In 1824, dus nog voor het uitbreken van de opstand, had de resident Mac Gillavry de gouverneur-generaal Van der Capellen al gewaarschuwd voor de ontevredenheid, die hij onder de Javaanse bevolking waarnam, door een schriftuur met de volgende titel:
Hoe ver was hij zijn tijd vooruit en wat had hij een goed hart! In Mei 1826, toen de oorlog een zeer verontrustend verloop begon te krijgen, schreef hij opnieuw, nu een uitgebreid memorandum, aan de net geïnstalleerde Gouverneur-Generaal du Bus de Gisignies. Hierin zette hij uitvoerig uiteen hoe hij voorkomen had, dat de opstand naar zijn residentie was overgeslagen, terwijl het Hof van Soerakarta in het geheim met zijn verwanten in Djokja sympathiseerde en alleen maar op een aanleiding wachtte om ook aan de strijd deel te nemen. Verder analyseerde hij de oorzaken van de opstand, gaf hij richtlijnen aan hoe deze beëindigd zou kunnen worden en wat er daarna zou moeten gebeuren. Hij kwam hierbij tot het opzienbarende voorstel om de splitsing van 1755 weer ongedaan te maken en Djokjakarta weer bij Soerakarta te voegen en tegelijkertijd de inkomsten van de vorstelijke personen zowel in Djokja alsook in Solo te verhogen om hun gerechtvaardigde grieven weg te nemen, althans te verzachten. Indrukwekkend is zijn heldere, soms wat emotionele betoogtrant en zijn diepgaande kennis van de geschiedenis van Java en zijn vorstenhuizen.
Blijkbaar is dit schriftuur zijn superieuren in het verkeerde keelgat geschoten. In 1827 werd hij althans gesuspendeerd en vervolgens ontslagen op beschuldiging van collaboratie met de opstandelingen. Vanzelfsprekend voerde hij een fel verweer tegen deze buitengewoon onrechtvaardige beslissing. Het gevolg daarvan was, dat hij in 1829 tot resident van Sumatra's Westkust werd benoemd met Padang als standplaats. Hiermede was hij natuurlijk nog helemaal niet tevreden. Hij wenste terecht volledig eerherstel en herbenoeming op zijn oude post Soerakarta. Dit gebeurde in 1830. Bovendien werd hij benoemd tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw. Dit was dan de complete rehabilitatie die hij had geëist en tevens een erkenning van zijn grote verdiensten. Blijkbaar heeft hij zelfs dat ene jaar van "ballingschap" in Padang niet stil gezeten. In dat jaar 1830 sloot hij een verdrag tot bijstand met de radja van Troemoen, die zich juist van de sultan van Atjeh had afgescheiden. Het gebruikelijke patroon dus, waarbij onderling ruziënde inheemse vorsten de hulp van het Gouvernement inriepen. In datzelfde jaar eindigde de Java-oorlog met de gevangenneming van Dipo Negoro, die door zijn gehele aanhang verlaten was. In Mei van dat jaar werd hij verbannen naar Menado op Celebes. Dit was dan het einde van een tragisch-romantische figuur, aan wie een grote dosis moed niet kon worden ontzegd. De strijd had het Gouvernement schatten gekost, had de werving van veel soldaten in Nederland nodig gemaakt en had uitgestrekte gebieden verwoest. 8000 Europeanen en 7000 inheemsen in Gouvernementsdienst waren hierbij omgekomen. Het verlies aan mensenlevens aan de andere kant was oneindig groter en niet bij benadering te schatten. Een beetje meer inzicht in en begrip voor het eergevoel van de Oosterling van de Nederlandse kant had al dit onheil kunnen voorkomen.